ZEISS ZEN Lite помогает получать изображения с камер Axiocam, открывать и просматривать файлы CZI, настраивать отображение, выполнять базовую обработку, добавлять шкалы и аннотации, измерять длины, площади и периметры, а также сохранять результаты вместе с данными съёмки.

ZEISS ZEN помогает получать изображения с микроскопа, настраивать экспозицию и многоканальную съёмку, собирать Z-стеки и временные серии, обрабатывать CZI-данные, выполнять измерения и сегментацию, строить 3D-визуализации и готовить результаты к экспорту; основные рабочие инструменты доступны во вкладках Locate, Acquisition, Processing и Analysis, а Smart Setup, Direct Processing и Image Analysis Wizard связывают настройку эксперимента, обработку и количественный анализ в один последовательный процесс.

Arivis Vision4D помогает открывать многоканальные 2D-, 3D- и 4D-микроскопические данные, собирать серии и мозаики, настраивать визуализацию объёма, выделять и классифицировать объекты, измерять их параметры, отслеживать изменения во времени и экспортировать численные результаты с помощью 2D/4D Viewer, Tile Sorter, Volume Fusion, Analysis Pipeline, Objects и инструментов машинного и глубокого обучения.

QuPath позволяет просматривать гигапиксельные гистологические слайды, размечать области ткани, детектировать и измерять клетки, разделять красители, обучать классификаторы объектов и пикселей, строить карты плотности и выгружать количественные результаты. Для этого используются пирамидальный просмотрщик, инструменты аннотаций, детекция клеток, цветовая деконволюция, интерактивное машинное обучение, таблицы измерений, проекты и сценарии автоматизации, поэтому один рабочий процесс может охватывать путь от исходного скана до проверяемой таблицы признаков.

ilastik помогает сегментировать изображения, классифицировать пиксели и готовые объекты, отслеживать их во времени и оценивать число объектов в плотных сценах: пользователь размечает примеры кистью или метками, выбирает признаки, запускает интерактивное обучение и проверяет карты вероятностей, сегментацию, треки и численные результаты прямо в рабочем окне.

CellProfiler Analyst помогает исследовать большие наборы биологических изображений и рассчитанных по ним измерений: в Image Gallery и Image Viewer можно находить поля зрения и отдельные объекты, Classifier — обучать классификатор на вручную размеченных примерах и оценивать весь эксперимент, Plate Viewer — видеть распределение показателей по лункам, а Scatter Plot, Histogram, Density Plot, Box Plot и Dimensionality Reduction — разбирать многомерные признаки, искать выбросы, кластеры и связи между измерениями.

CellProfiler автоматизирует количественный анализ биологических изображений: в нём собирают последовательность модулей для загрузки микроскопических кадров, коррекции неравномерного освещения, сегментации ядер и клеток, измерения формы, интенсивности и текстуры, отслеживания объектов, контроля качества и экспорта результатов в таблицы или базы данных.