LAS EZ помогает получать изображения с совместимых микроскопов и цифровых камер Leica, настраивать экспозицию, усиление, гамму и баланс белого перед съёмкой, сохранять кадры в JPEG, TIFF или BMP, записывать короткие AVI-ролики, добавлять масштабные линейки, подписи и измерительные линии, а затем корректировать яркость, контраст, цвет, ориентацию и кадрирование.

NDP.view2 позволяет открывать цифровые гистологические слайды NanoZoomer, быстро переходить от общего вида ткани к микроскопическим деталям, менять фокусный слой, поворачивать и синхронно сравнивать изображения, добавлять аннотации и измерения, а затем сохранять нужный фрагмент или текущий вид для дальнейшей работы.

ICY Spot Detector находит и подсчитывает яркие или тёмные точечные объекты на микроскопических изображениях, выделяет их многомасштабным вейвлет-детектором, позволяет выбрать нужный канал, масштаб и чувствительность, ограничить анализ областями ROI, отфильтровать находки по размеру и передать координаты, количество и размеры обнаружений в таблицу, ROI или контрольное изображение для дальнейшей обработки.

Bio7 позволяет открывать и измерять научные изображения средствами ImageJ, передавать пиксели, области интереса и таблицы результатов в R для статистики, работать со стеками и графиками, автоматизировать последовательности анализа макросами, скриптами и Flow Editor, а также сохранять промежуточные данные и визуализации в рамках одного рабочего проекта.

MiToBo помогает сегментировать и измерять объекты на микроскопических изображениях: в нём можно фильтровать данные, выделять границы и связные области, применять пороговую обработку, watershed, активные контуры и текстурные признаки, считать клетки и субклеточные структуры, анализировать scratch-assay, нейриты, цитоскелет и форму клеток, а затем сохранять численные результаты и воспроизводимые цепочки обработки.

StarDist помогает автоматически находить и раздельно сегментировать ядра и другие компактные объекты на микроскопических изображениях: нейросеть предсказывает для каждого объекта звёздно-выпуклую форму и вероятность обнаружения, а NMS устраняет конкурирующие маски; в рабочих интерфейсах доступны готовые и пользовательские модели, нормализация по процентилям, пороги вероятности и перекрытия, разбиение крупных изображений на тайлы и вывод результата в виде меток, контуров, ROI, полигонов или полиэдров.

Cellpose GUI помогает находить и отделять клетки, ядра и другие объекты на микроскопических изображениях: в окне можно запустить автоматическую сегментацию, проверить цветные маски и контуры, вручную дорисовать или удалить ROI, объединить ошибочно разделённые области, просмотреть карты потоков и вероятности, сохранить разметку и подготовить исправленные маски для дообучения модели.