A-PDF Image Downsample уменьшает размер PDF за счёт обработки встроенных растровых изображений: программа снижает их разрешение, повторно сжимает графику, позволяет ограничить обработку диапазоном страниц, пропускать небольшие изображения и подобрать качество JPEG и фильтр ресэмплинга. В работу можно поставить сразу несколько PDF, целую папку с подпапками, защищённые паролем документы и затем либо перезаписать исходные файлы с резервным копированием, либо сохранить обработанные копии в выбранную папку.

Mendeley Reference Manager помогает собрать научные публикации в единую библиотеку, импортировать PDF и библиографические записи, исправлять метаданные, распределять материалы по коллекциям и тегам, искать по карточкам и тексту вложенных PDF, читать и аннотировать статьи, вести Notebook, находить дубликаты, работать с общими библиотеками и передавать выбранные ссылки в Mendeley Cite для вставки цитат и списка литературы в Microsoft Word.

PDFtk4All помогает объединять и разбирать PDF по страницам, извлекать нужные диапазоны, поворачивать листы, накладывать штамп или фон, шифровать результат, работать с вложениями и данными форм через графические инструменты, которые передают выбранные операции PDFtk. В одном окне можно собрать очередь исходных файлов, задать порядок и диапазоны страниц, выбрать действие и сохранить новый документ без ручного набора команд.

PDF Booklet помогает подготовить PDF к печати брошюрой: программа переставляет страницы в правильном порядке для сгиба и двусторонней печати, разбивает большой документ на тетради, размещает несколько страниц на листе, добавляет пустые страницы, меняет масштаб, поля, сдвиг и поворот, а результат показывает в предварительном просмотре перед созданием нового PDF.

ORPALIS PDF OCR превращает сканированные PDF и изображения с текстом в файлы, по которым можно искать, выделять и копировать распознанный текст: в основном окне задаются источник и папка назначения, язык OCR, формат результата, версия PDF и число потоков, а ход обработки контролируется через вкладки Status, Warnings, Errors и Logs.

Paperpile помогает собирать научные статьи и библиографические записи в единую библиотеку, прикреплять и читать PDF, раскладывать материалы по папкам и меткам, искать по метаданным и полному тексту, делать пометки в документах и вставлять оформленные ссылки с библиографией в Google Docs и Microsoft Word; для LaTeX доступны BibTeX-экспорт и автоматические рабочие процессы.

Hypothes.is позволяет выделять фрагменты текста на веб-страницах и в PDF, прикреплять к ним комментарии и теги, вести ветки ответов, оставлять заметки ко всему документу, работать в публичных и закрытых группах, а в PDF — отмечать прямоугольные области и отдельные точки. Через боковую панель можно искать и сортировать обсуждения, управлять видимостью заметок, упоминать участников и экспортировать доступные аннотации для дальнейшей работы.