MiToBo помогает сегментировать и измерять объекты на микроскопических изображениях: в нём можно фильтровать данные, выделять границы и связные области, применять пороговую обработку, watershed, активные контуры и текстурные признаки, считать клетки и субклеточные структуры, анализировать scratch-assay, нейриты, цитоскелет и форму клеток, а затем сохранять численные результаты и воспроизводимые цепочки обработки.

StarDist помогает автоматически находить и раздельно сегментировать ядра и другие компактные объекты на микроскопических изображениях: нейросеть предсказывает для каждого объекта звёздно-выпуклую форму и вероятность обнаружения, а NMS устраняет конкурирующие маски; в рабочих интерфейсах доступны готовые и пользовательские модели, нормализация по процентилям, пороги вероятности и перекрытия, разбиение крупных изображений на тайлы и вывод результата в виде меток, контуров, ROI, полигонов или полиэдров.

Cellpose GUI помогает находить и отделять клетки, ядра и другие объекты на микроскопических изображениях: в окне можно запустить автоматическую сегментацию, проверить цветные маски и контуры, вручную дорисовать или удалить ROI, объединить ошибочно разделённые области, просмотреть карты потоков и вероятности, сохранить разметку и подготовить исправленные маски для дообучения модели.

napari позволяет просматривать, сопоставлять и размечать многомерные изображения: добавлять слои Image, Labels, Points, Shapes, Surface, Tracks и Vectors, листать срезы по дополнительным осям, переключаться между 2D и 3D, настраивать контраст, гамму, цветовые карты и смешивание, а также связывать визуальную проверку данных с Python-кодом и плагинами анализа.

Micro-Manager помогает управлять микроскопом и камерой из единого рабочего окна: делать одиночные кадры и живой просмотр, задавать экспозицию, биннинг и область интереса, переключать каналы и оптические состояния, перемещать XY- и Z-столы, запускать автофокус, собирать серии по времени, глубине и нескольким позициям, сохранять многомерные наборы изображений и контролировать результат через гистограммы, метаданные и инструменты ImageJ.

Volocity помогает собирать, просматривать и анализировать многоканальные микроскопические изображения: в программе можно формировать 3D- и 4D-наборы, настраивать каналы и LUT, выполнять деконволюцию, находить и измерять объекты, оценивать колокализацию, строить треки и готовить снимки, таблицы, графики и фильмы для публикации.

OMERO.insight помогает импортировать микроскопические изображения в OMERO, систематизировать их по проектам и наборам, просматривать многоканальные Z-стеки и временные серии, настраивать каналы и яркость, работать с метаданными, тегами и ROI, а также получать базовые измерения интенсивности.